В конце девяностых годов, во время учебы в Университете Инсбрука, Гордон присутствовал на ранних экспериментах по телепортации, проведенных Институтом Экспериментальной Физики. С тех пор практическое применение телепортации стало его страстью. С 1999 года Фримен получает докторскую степень от M.I.T. за тезисы, названные «Observation of Einstein-Podolsky-Rosen Entanglement on Supraquantum Structures by Induction through Nonlinear Transuranic Crystal of Extremely Long Wavelength (ELW) Pulse from Mode-Locked Source Array».

Разочарованный малой скоростью и низким бюджетом академических исследований и охваченный своей мечтой, Гордон ищет работу в частном секторе. И фортуна улыбнулась ему — его наставник в M.I.T., профессор Айзек Кляйнер, возглавил исследовательский проект на списанной ракетной базе Black Mesa в Нью-Мексико. Кляйнеру были нужны способные помощники, и выбор пал на Фримена.

Учитывая источники и размеры финансирования, Гордон подозревал, что разработки ведутся в области вооружений, но он также надеялся, что гражданское применение технологиям также будет найдено, а потому — он принял предложение Кляйнера. До инцидента в Black Mesa Гордон никогда не имел дела с оружием, если не считать пушки, стрелявшей теннисными мячиками, которую он сконструировал в 6 лет.

Пробив свой путь сквозь разломы пространства к финальной аудиенции с человеком, известным как G-Man, Фримен согласился работать на него, надеясь помочь человечеству. Прошли годы с тех пор, как кто-либо из его коллег слышал, что-либо о Гордоне. И мир изменился за эти годы.

Воспользовавшись ситуацией, бывший администратор из Black Mesa Уоллас Брин заключил мир, который привел к рабскому и нищему существованию для остатков населения Земли под тиранической властью силы, известной как Альянс. Немногое известно об Альянсе, кроме безжалостного поглощения и перераспределения ресурсов Земли в угоду собственным нечестивым планам. 

Так называемый G-Man. Таинственный агент, который возможно представляет некое тайное правительство, но с тем же успехом может являться кем угодно.

У него скрипучий насмешливый голос, со странными ударениями и сменами интонации. Голос, который ускоряется и замедляется совершенно непредсказуемо, как будто говорящему непривычна человеческая речь. 

Угнетенные жители City 17 были мрачны и безутешны пока Гордон Фримен не зажег огонь революции. Теперь они — преданные бойцы, обеспечивающие помощь и прикрытие. Силой поселенные в полуразрушенные многоквартирные дома или даже хуже (многие жители случайным образом отобраны из домов или прямо из поезда и отправлены в концлагерь, известный как Nova Prospect), горожане City-17 живут в вечном страхе и угнетении, лишенные всех прав. Не ждите помощи от них, если только вы не оказали им сначала услугу.

После того, как вам откроется тайное движение борцов за свободу, возглавляемое доктором Элай Вэнсом, сопротивление будет играть ключевую роль в вашем выживании. Во время сражений с большими врагами, такими как боевые корабли или войска Альянса, вы получите дополнительную помощь от этих бойцов. Их снаряжение и способности варьируются, но в самые тяжелые времена вашего путешествия вы будете рады любой помощи.

• Медик: Если вам нужно восстановить здоровье в бою, найдите человека с красным крестом на рукаве и заговорите с ним (кнопка Е по умолчанию).
  
• Переносчик патронов: сопровождающие вас бойцы могут пополнять ваш запас патронов. Просто подойдите к ним и заговорите.
  
• Дробовик, пистолет-пулемет, пульсовая винтовка, РПГ: Бойцы могут иметь различное вооружение в зависимости от обстановки.

Доктор Брин, бывший администратор исследовательского комплекса Black Mesa, ныне — Временный Администратор Земли. Он сух, логичен и последователен. В жизни он таков же, как и на гигантских мониторах — холоден и жесток.

Человек, не хватавший звезд с неба, он вынужден искать оправдание вторжению — и собственному решению управлять капитуляцией Земли — объясняя людям теорию, стоящую за его потаканием захватчикам.

Стойкий охранник из Half-Life, герой Blue Shift, вернулся и теперь он работает под прикрытием в качестве офицера отряда охраны населения City-17.

Барни практичный, бесстрашный и лаконичный парень из тех, кого хорошо иметь за спиной в бою.

Аликс Вэнс, отличный боец и исследователь, девушка, выросшая в захваченном мире и изучавшая науку и технику на коленях своего отца-изобретателя. Жестокость окружающего мира уравновешена теплотой ее отца и важностью работы, которую она делает для сопротивления.

Аликс не только умна, но эмоциональна и обладает острой интуицией. Она знает, что ей не нравится доктор Моссман, но она не сможет ответить почему.

Доктор Кляйнер, рассеянный профессор, сумевший выбраться из Black Mesa. Он полностью погружен в теоретическую физику, пока вокруг него идет сопротивление. Его манера говорить несколько вычурна и несвязна. Кляйнер явно любит говорить о странных концепциях, стоящих за его работой.

Он также любит экзотичных (если не сказать больше) домашних животных — выращивает и изучает обезвреженного хедкраба, которую называет Hedy Lamarr в честь знаменитой актрисы.

Как и Кляйнер, Элай — гениальный ученый, но он гораздо более практичен, прагматичен и занимается изобретением различных устройств. Он потерял ногу в борьбе с Буллсквидом, когда помогал Кляйнеру относительно безопасно устроиться в городе, принадлежащем Альянсу.

Теперь он возглавляет сопротивление, заполняя пробел между абстрактными теориями Кляйнера и практическими нуждами революционеров. Элай харизматичен, добр и обладает хорошим чувством юмора и все вокруг попадают под влияние ауры его шарма. Его жена погибла во время инцидента в Black Mesa.

Джудит Моссман, отличный физик, движимый неугасимым научным любопытством и профессиональной завистью. Эта комбинация привела Джудит под начало доктора Брина, который использовал ее для проникновения в сопротивление Элайя. Со временем Джудит влюбилась в Элайя и осознание того, что однажды его придется предать — разрывает ее на части.

Ее интеллект неоспорим, но она эмоционально уязвима и ей приходится держать свои эмоции под жестким контролем. В результате она несколько холодна.

Vortigaunts — раса рабов управляемая коллективным разумом и овладевшая энергией, случайно освобожденная Гордоном Фрименом после уничтожения хозяев из мира Xen.

Вместо того, чтобы пасть под властью Альянса, Vortigaunts объединились с людьми в борьбе за общую свободу.

Созданный доктором Элай Вэнс больше двадцати лет назад в качестве подарка и защитника к рождению дочери Аликс, этот механоид вырос из четвероногого «щенка» в трехметровое двуногое бронированное чудовище с невероятно мощными конечностями.

Dog был запрограммирован так, чтобы быть игривым и крайне лояльным по отношению к Аликс (выступая и как собака и телохранитель) и вступает в бой с ненавистными Combine с ужасающей свирепостью.

Отца Григория можно найти в жестком шахтерском городке Ravenholm, где он делает все от него зависящее, чтобы помочь жителям во время вторжения.

Он суров, искусен и зол после того, как на глазах Григория целый отряд превратился в зомби. В нем нет ни капли страха. Он встречает врага зловещим смехом и огнем шотгана.

Одесса Каббедж, также известный под кличкой Полковник, отважный лидер небольшой группы повстанцев из Новой Маленькой Одессы. Назван ли этот городок в его честь или же он взял название деревни вместо имени — неясно.

Вообще говоря, многое о полковнике неясно: начиная с его слегка неровных усов и заканчивая якобы британским акцентом, который, по мнению многих столь же фальшив, как и военные подвиги, которые он приписывает своим последователям.

Одно лишь можно сказать точно, когда разговор заходит о Полковнике Одессе Каббедж — во время опасности вы всегда найдете его в подвале штаба отдающим четкие приказы и отправляющим предупреждения соседним постам, но никогда не подвергающим собственную персону малейшей угрозе.